市农业农村局设下列内设机构:
（一）办公室（安全应急与信访办、科技教育与信息化科）。负责机关日常运转，拟定机关管理制度并监督实施；组织协调综合性会议与重要活动；负责保密、机要、信访、档案、政务公开、督办、建议提案办理等工作；负责综合性文稿起草、信息编报、新闻宣传等工作；负责年鉴编报和部门政务信息及宣传期刊的编发工作；负责部门宣传平台的审核、更新和维护，负责对重点工作推进实施进行协调督查。牵头协调局系统和农业行业安全生产；指导局系统开展安全生产检查和整改；指导局系统开展安全生产宣传教育培训工作；负责局系统应急工作的日常管理，制定应急工作管理规范、年度工作计划，并组织、督导实施；负责应急处理的组织协调和工作信息的综合管理。
承担指导“三农”工作重要文件的起草工作；组织开展全市乡村振兴相关重大问题和政策调查研究，提出工作建议；负责落实全市农业农村有关重点工作、重要决定的协调、督促、综合考核。统筹协调乡村振兴和农村人居环境整治等有关工作。承担市委农村工作领导小组办公室的日常工作。
管理农业科技成果，指导农业科研、技术引进、成果转化和技术推广工作，推动产业技术体系、农技推广体系建设；监督管理农业转基因生物安全；指导农村可再生能源开发利用、节能减排、农业清洁生产和生态循环农业建设；承担推动农业绿色发展有关工作；指导农业教育、职业农民培育。指导农业农村实用人才队伍建设，牵头开展“乡土人才”评选；拟订农作物、畜禽遗传改良计划，组织开展良种重大科技联合攻关，构建种业产学研融合创新体系；组织实施种质资源、畜禽遗传资源保护和管理；承担农业植物新品种保护工作，监督管理农作物种子、种苗；组织抗灾救灾和备荒种子的储备、调拨；承担外来物种管理相关工作；指导农业系统学会、协会建设。编制农业农村经济信息体系建设规划，并组织实施；提出大宗农产品市场体系建设建议；组织开展农产品和农业生产资料供求、价格分析和监测预警；指导农产品营销促销工作；发布农业农村经济信息，指导农业信息服务。承担农业农村信息化有关工作。
（二）组织人事与法规科(内部审计室、行政服务科)。根据干部管理权限，负责机构编制、干部人事、劳动工资、职称评审、教育培训、出国（境）等工作；负责机关离退休干部工作，指导所属单位的离退休干部工作；负责机关和所属单位的党务工作；负责系统内农业农村人才队伍建设。协助做好纪检和监察工作；负责所属单位内部审计和内管干部经济责任审计工作；指导系统内部审计工作；组织开展农业领域“放管服”改革权责清单制度建设工作；组织协调行政审批制度改革，清理规范行政许可事项，负责行政审批综合办公业务管理工作；根据法律法规、国家和省有关文件以及江苏省部门行政权力清单，负责本部门行政事项的有关工作，并及时办结。研究起草贯彻农业农村法律、法规、规章的实施意见（或方案），承担规范性文件的合法性审查，承办行政执法监督、行政复议、行政应诉等工作，组织开展普法宣传，指导农业农村法治建设，指导农业农村领域社会信用体系建设。
（三）计划财务科。提出扶持农业农村发展的财政政策和项目建议，提出农业投资规模、方向的建议并监督实施；编报部门预算并组织执行；组织提出农业生产救灾资金安排建议；协助做好农业补贴相关工作；指导监督局系统财务、国有资产和政府采购管理工作；负责对重点项目、实事项目推进实施进行协调督查;指导下属企事业单位的经济协作、发展项目、基本建设等工作。
（四）农业生产管理科（农产品质量安全监督科）。起草种植业、畜牧业、饲料业、畜禽屠宰行业、兽医事业、渔业、农业机械化，以及作物和畜禽、水产种业的政策和规划。承担农业综合统计和分析工作。
指导粮食蔬菜园艺作物生产、种植业结构和布局调整及标准化生产工作；发布农情信息，组织实施种植业发展重大技术措施和农作物重大病虫害防治有关工作；负责发展节水农业、设施农业、抗灾减灾、植物检疫相关工作；承担肥料有关监督管理以及农药生产、经营和质量监督管理，指导农药科学合理使用。承担耕地质量管理相关工作；指导划定农业产品禁止生产区域。承担市“菜篮子”工程建设领导小组办公室日常工作。
保护和合理开发利用渔业资源，指导水产健康养殖和水产品加工流通，组织水生动植物病害防控；组织水生动物卫生检疫；组织渔业水域生态环境及水生野生动植物保护；组织渔业资源及水生物保护；负责渔政渔港监督、渔业船舶管理等工作；指导渔业安全生产、防灾减灾；协调处理渔业安全重大突发事件。承担渔业船舶检验和监督管理责任。
负责全市动物卫生监督行政管理工作，开展兽医医政、兽药及兽医器械监督管理；指导畜牧业结构调整；指导畜禽粪污资源化利用；监督管理畜禽屠宰、饲料及其添加剂、生鲜乳生产收购环节质量安全；组织实施动物防疫检疫工作；承担兽药及兽用生物制品安全管理工作；配合做好出入境动物检疫有关工作；负责建立完善重大动物疫情监测预警系统；组织开展有关突发重大动物疫情应急知识和处置技术的培训；组织开展重大动物疫情应急响应，指导做好重大动物疫病应急处置工作。承担市重大动物疫病防控办公室日常事务。
指导农业机械化发展，组织实施全市农业机械化发展规划。组织提出农业机械化发展政策建议；指导农机购置补贴政策的组织实施；组织农业机械展示展览和业务交流；承担农业机械化技术和装备发展工作；组织种植业、养殖业和设施农业的机械化技术创新和推广应用；组织实施秸秆机械化还田作业补助政策；指导全市农机安全生产，组织农机安全监理；指导和监督道路外农机违法行为查处、事故处理和应急管理工作。指导实施农机具报废更新；负责全市农机维修行业管理、试验鉴定与质量监督、农机行业职业技能培训等工作。
组织实施农产品质量安全监督管理有关工作；指导农产品质量安全监管体系、检验检测体系和信用体系建设；承担农产品质量安全监测、追溯、风险评估等相关工作；会同有关部门组织实施农产品质量安全地方标准，指导农业标准化生产；依法实施符合安全标准的农产品认证和监督管理。承担农业品牌建设有关工作。承担农产品质量安全突发事件应急处置具体工作。
（五）发展改革与资产管理科。提出农业农村改革发展相关重大政策建议；提出实施乡村振兴战略、巩固完善农村基本经营制度等政策建议；承担全面深化农村改革管理工作；起草农业农村发展规划；组织编制、审核行业（系统）发展专项规划；组织农业资源区划工作，指导农业区域协调发展。承担农民承包地、农村宅基地改革和管理；指导宅基地分配、使用、流转、纠纷仲裁管理和宅基地合理布局、用地标准、违法用地查处，指导闲置宅基地和闲置农房利用；研究提出促进农民增收的政策建议，协调推进农民增收有关工作。参与研究农村金融政策的制定。
协调推进乡村治理体系建设，承担农村集体产权制度改革；指导农村集体资产和财务管理；负责农村产权流转交易市场的指导、协调和服务工作。负责农经统计有关工作。
（六）农村社会事业管理科。开展农村社会事业重大问题研究；提出推动农村社会事业发展、农村公共服务体系和基础设施建设的政策建议，并推动实施；牵头组织改善农村人居环境，指导村庄整治、村容村貌提升、美丽乡村建设等有关具体工作；指导农村精神文明和优秀农耕文化建设；组织指导全市农民体育运动。牵头开展民生保险的政策制定，并组织落实。
提出农田建设项目需求建议；承担高标准农田建设项目、农田整治项目、农田水利建设项目管理工作。组织开展节水农业灌溉工程项目建设；拟订农田建设技术标准和规范；组织实施和管理农业综合开发项目；参与开展永久基本农田保护；提出农田建设监督评价指标；组织督查农田建设项目实施及建后管护工作；指导开展农田建设项目竣工验收，组织开展农田建设项目验收工作考评；承担农田建设项目绩效评价工作；指导各类农业园区建设与管理工作。指导农用地的管理。
（七）合作经济与产业发展科（扶贫科）。起草乡村产业、农产品加工业、休闲农业和农业产业化发展的政策措施，并组织实施；推动农村一二三产业融合发展；指导和监测农业产业化龙头企业发展；指导开展农村创业创新工作；指导农民合作经济组织和农业社会化服务体系建设；培育农村新型农业经营主体，完善新型农业经营体系和发展多种形式适度规模经营；负责农业国际贸易、农业利用外资的指导管理；指导农业“走出去”工作，协助组织实施农业援外项目；负责农业对外合作载体建设和开放型农业项目的指导管理。组织、协调和开展海峡两岸农业合作与交流工作；配合做好农业保险政策制定等工作。
承担起草全市扶贫工作政策、规划、专项规划和年度计划、实施方案的有关工作；协调拟订财政扶持资金分配使用方案，指导各地加强扶贫资金监管；指导基层开展扶贫、帮扶工作，配合做好扶贫小额信贷工作；负责推进完善扶贫开发协调机制，组织协调专项扶贫、行业扶贫和社会扶贫；组织落实扶贫工作责任制，负责督查精准扶贫精准脱贫工作机制的落实，推动落实扶贫、脱贫考核评价有关工作；指导全市经济薄弱村帮扶和转化工作；承担扶贫开发宣传、表彰、培训和信息化建设工作；承担农业对口帮扶、对外协作工作；承担市政府扶贫工作办公室日常工作。
