市交通运输局设下列内设机构：
（一）办公室（信访办公室）。组织协调机关日常运作，承担信息、保密、档案、信访、政务公开工作。负责人大代表建议、政协委员提案及议案的办理工作。负责局综合性文稿的起草以及重要会议的组织；负责局效率效能考核和局属单位年度考核工作；负责全局性工作的督促检查；负责局机关并指导局属单位文明卫生、保健和绿化工作；负责党的路线、方针、政策的宣传工作和意识形态工作；负责交通运输新闻报道、新闻发布工作；指导交通运输行业精神文明建设、文明创建、思想政治工作。
（二）组织人事科（教育培训科）。负责拟订并组织实施党组织建设的工作计划和目标，督促检查党建工作重大部署的贯彻落实；承担局机关和直属单位党组织机构设置、组织班子建设和制度建设；负责党务公开的组织协调；负责党员教育管理、党员培养发展、党费收缴使用管理等工作；负责机关党务工作；负责局管干部队伍和领导班子建设的有关工作，指导局属单位干部队伍建设；拟定人才队伍发展教育培训计划，负责人才教育培训和专业技术人员继续教育；负责局机关并指导局属单位机构编制、干部人事、劳动工资、技术职称、社会保障等管理工作；负责局管干部档案和指导基层单位干部档案管理工作；负责局机关离退休干部的服务与管理，指导局属单位落实好老干部政策；负责局机关和局属单位出国（境）办理及相关外事工作。承担对局机关和局属单位财务收支、经济活动进行审计的职责；负责机关及所属单位内部审计和内管干部经济责任审计工作；组织对局机关和局属单位实施的工程项目开展内部审计工作；配合协调各级开展的审计工作；承办法律、法规和局要求办理的其他审计事项。
（三）投资管理科。负责交通建设资金的筹集和调度以及利用内资和外资工作；承担交通运输资金的申请、拨付、监管及会计核算工作；指导交通运输行业财务、会计工作；指导局属单位资金运作和预决算及编报管理，审核编制局和直属单位预算决算，负责局预算执行管理，指导局属单位财务管理并完善内部控制机制；指导交通运输行业的规费征收管理工作；负责财务会计报表资料分析上报工作；负责办理系统内政府采购工作；负责局机关并指导局属单位拟订内部财务管理、会计核算和预算管理办法。承担局属企业国有资产的监管职责。
（四）安全应急科。组织拟订并监督实施公路、水路、城市公共交通安全生产政策和应急预案；负责协调和指导交通运输行业安全生产综合监督管理，指导有关安全生产和应急体系建设；监督局属单位安全监管工作；指导有关安全生产和应急处置体系建设；协助做好重大事故的调查处理，监督事故查处的落实情况；指导局属单位内部消防和社会治安综合治理等管理工作；指导、协调交通运输应急处置、公共突发事件处置工作。指导并监督交通运输行业环保工作。指导协调交通运输行业信息化项目建设与管理；组织实施交通运输重点智能交通工程。承担局机关安全保卫工作。承担昆山市国防动员委员会交通战备办公室日常工作。
（五）政策法规科（行政服务科）。负责交通运输行业政策研究和法治工作，指导推进交通运输行业体制改革、“放管服”改革工作；负责地方性实施意见和规范性文件的起草、制定和备案工作；根据法律法规、国家和省有关文件以及江苏省、苏州市、昆山市部门行政权力清单，负责本部门行政审批事项的有关工作，并限时办结；负责交通运输法规宣传和普法教育培训工作；承担交通运输行政执法监督工作；指导本系统下放行政审批事项事中事后监管工作，协调做好本部门进驻市行政服务中心审批事项的办理工作；承担和指导交通运输行政复议和行政诉讼应诉工作。指导和协调信用管理工作。协调交通运输行业对台服务工作。
（六）综合计划科（交通建设管理科）。组织拟订综合交通运输体系规划和公路、航道、港口、交通物流业等交通运输行业的发展规划和实施计划；组织拟订高速公路、普通国省干线公路、干线航道、港口、枢纽等规划；拟订交通运输行业发展战略、投资政策，参与拟订交通运输行业筹融资政策；拟订高速公路、普通国省干线公路、干线航道、港口、枢纽建设的固定资产投资计划和年度计划，组织编制地方铁路、农村公路、基础设施维护、行业管理年度投资计划；承担公路、水路建设前期工作协调和管理、概预算管理；承担交通运输利用外资和对外交流合作；承担全市民用航空相关行业管理与服务工作；负责交通运输行业运行状态、重大课题、发展环境、发展方向、发展战略等研究工作。参与拟订地方铁路、轨道交通、民用航空规划。拟订全市交通运输行业科技与信息化发展规划和实施计划；组织实施交通运输行业重点科技项目攻关、创新技术引进开发和科技成果管理；组织并指导交通运输行业标准计量、知识产权、技术交流、行业创新体系建设工作；指导并监督交通运输行业质量、技术工作。拟订公路、水运工程质量发展目标和政策并组织实施；承担并指导公路、水运工程市场监管，监督管理交通运输行业和产业项目招投标工作；承担公路、水路建设和维护的行业管理工作，负责公路、水运工程建设实施阶段程序管理；监督检查年度建设计划的落实，组织和指导全市公路、水运工程质量、进度、设计、施工、监理、定额造价、试验检测、咨询的监督管理；负责公路、水运工程市场主体的资质资格管理；承担公路、水运工程市场主体的履约考核和信用管理；承担公路、水运工程的质量与标准等管理工作；组织对优质工程进行质量审查；依法处理交通建设过程中的利益关系人的投诉；承担交通建设、公路管理等行政许可相关的审核工作。承担市铁路建设领导小组办公室的日常工作。
（七）综合运输科（港航管理科）。负责道路、水路运输发展和管理工作，负责并指导城乡客运管理。负责运输场站建设管理；负责道路运输、水路运输、城市客运及交通物流业政策、标准的拟订和监督实施；负责机动车维修、营运车辆综合性能检测、机动车驾驶员培训管理工作；负责公共汽车、城市轨道交通运营、出租汽车等城市客运管理工作；协调综合运输服务工作，负责运输行业的信用管理工作；组织和监督实施重点物资、紧急物资、节假日运输等交通运输保障工作；负责运输行业行政裁决工作；负责港口、航道发展和监管工作；拟订港口、航道行业政策并监督实施；监督检查港口、航道年度建设养护计划的落实；负责港口与航道的岸线利用、绿色发展、信用管理工作；指导国内外港口间的经济合作与对外交流并参与重大涉外活动；承担运输行业、航道、水上交通安全等行政许可相关审核工作。承担港口行政审批前的符合性技术审查工作。
